Ngọc trai do một loại sò ngọc tiết ra trong quá trình sinh trưởng. Khi có các hạt cát, ký sinh trùng hoặc dị vật bất kỳ, ngẫu nhiên lọt vào trong vỏ sò, con sò lập tức sẽ tiết ra các hợp chất protein và canxi cacbonat để bao bọc hạt cát, dị vật. Hết ngày này qua ngày khác, một viên ngọc trai sáng lấp lánh được hình thành. Ngọc trai được đánh giá cao do vẻ sáng lấp lánh của nó. Vì sao ngọc trai lại có thể sáng lấp lánh như vậy? Nguyên do là ở mặt ngoài của ngọc trai có bọc một lớp chất keo sáng bóng, chính lớp keo này làm nên vẻ đẹp của ngọc trai. Hơn 90% lớp vỏ bóng này là canxi cacbonat, ngoài ra còn có một ít hợp chất hữu cơ, một ít kim loại và một số các giọt nước kích thước rất bé. Chính các hạt rắn và các giọt chất lỏng nhỏ li ti tạo nên một lớp có khả năng chiết xạ ánh sáng lớn, chính nhờ đó mà khi được ánh sáng chiếu vào, ngọc trai sẽ phát sáng lấp lánh rất đẹp mắt. Do ngọc trai vốn không được ổn định lắm, nên ngọc trai thường có tuổi thọ xác định. Một viên ngọc trai thường có "tuổi thọ" khoảng 100 năm. Sau một thời gian dài, lớp nước ở ngoài mặt có thể bị bay đi hết, và viên ngọc trai sẽ bị mờ, bị "lì" đi, cuối cùng sẽ mất màu, thậm chí bị vỡ nát. Vì vậy các viên ngọc trai cổ không thể lưu giữ được đến ngày nay. Ngọc trai thường có bốn loại chính: màu trắng, màu vàng, màu xanh nhạt và màu phấn hồng, trong đó loại ngọc trai màu phấn hồng là quý nhất. Lớp vỏ của ngọc trai do một loại protein màu trắng là pocphirin kết hợp với một số kim loại thành thể pocphirin. Khi pocphirin kết hợp với nguyên tố kim loại khác nhau sẽ cho các thể pocphirin khác nhau, tạo nên màu sắc khác nhau của ngọc trai. Ví dụ ngọc trai có màu phấn hồng là có chứa kim loại natri và kẽm, ngọc trai có màu vàng là có chứa đồng và khá nhiều kim loại bạc. Ngoài ra phụ thuộc thể pocphirin nhiều hoặc ít mà có thể có màu đậm nhạt khác nhau. Ngoài tác dụng làm đồ trang sức, ngọc trai còn là một dược phẩm quý trong đông y. Ngọc trai có tác dụng an thần, giải độc, mạnh cơ, thanh nhiệt, làm sáng mắt. Vì vậy trong các loại thuốc hoàn tán như: Trân châu hoàn, lục thần hoàn, an cung ngưu hoàng hàn, thuốc bổ mắt bát bửu đã dùng ngọc trai làm thành phần chính.
